A Perfect Circle a vu le jour en 1999 à Los Angeles. C'est le frontman Maynard James Keenan (chanteur du groupe Tool) et le guitariste Billy Howerdel (ancien technicien guitare de Nine Inch Nails, Smashing Pumpkins, etc...) qui sont à la base de ce qui n'était au début qu'un side project. Les deux acolythes recruteront ensuite le guitariste Troy Van Leeuwen, le batteur John Freese (Suicidal Tendencies), et enfin, le bassiste/violoniste Paz Lenchantin. Côté production, c'est le guitariste Billy Howerdel qui est aux manettes.

A Perfect Circle réalise une musique calme et apaisante, et c'est en 2000 que le groupe sort son premier album: "Mer de Noms". Après le split des Smashing Pumpkins et après avoir joué plusieurs fois avec la bande à Meynard, James Iha rejoint officiellement le groupe en 2003, et remplace ainsi Troy Van Leeuwen, qui décide de quitter le groupe avec Paz Lenchantin.

Dans la valse des changements de line-up, Paz Lenchantin sera quant à lui remplacé par Jeordie White, plus connu sous le nom de Twiggy Ramirez lorsque qu'il jouait dans le groupe de Marylin Manson.

2003 sera marqué aussi par la sortie du deuxième album du groupe : "Thirteenth Step". Acclamé par la critique, cet album est de ceux qui se laissent agréablement écouter à la fin d'une rude journée... Pour le promouvoir, le groupe part en tournée, et assure la première partie de formations aussi renommées que les Deftones (à Bercy en septembre 2003). En jouant devant de telles assemblées, A Perfect Circle a toutes les chances de se faire connaître par un plus large public, et de propager son excellente musique de plus en plus "toolienne"...