L'histoire d'Anti-Flag commence en 1988 à Glenshaw en Pennsylvanie lorsque les jeunes Justin et Pat décident ensemble de former un groupe malgrès leur niveau assez médiocre.

"A cette époque, c'était soit zoner completement défoncé à la drogue, soit former un groupe et jouer de la musique... le choix fût vite vu !" Justin Sane

Un an plus tard, en 1989 donc, Justin et Pat ont tous deux atteinds un niveau assez correct pour pouvoir réellement jouer dans leur propre groupe qu'ils appelleront Anti Flag. Mais à l'époque, le groupe n'avait absolument rien à voir avec ce qu'il est devenu aujourd'hui ! En effet, à cette époque, Lucy Fester, la soeur de Justin, s'occupait du chant et les guitaristes-bassistes ne faisaient que passer leur chemin les uns après les autres. Malgrès cela, Anti Flag arrive tout de même à faire quelques concerts locaux mais le manque de motivation les obligera à arretter.

En 1993, agacés de jouer dans divers groupes sans réel interêt, Justin et Pat décident de quitter Glenshaw pour la Côte Est. Pat décide de rentrer à Pittsburgh deux semaines seulement après son arrivée à San Francisco tandis que Justin décide, lui, de rester. Finallement, huit mois plus tard, Justin regagnera à son tour Pittsburgh plus determiné que jamais à monter un groupe sérieux avec Pat. Tout ce dont ils avaient besoin, c'était un bon bassiste. C'est alors qu'Andy Flag entre en scène. Justin et lui c'étaient rencontré quelques mois auparavant à l'église. A cette époque, Justin devait se rendre régulièrement à l'église, forcé par sa mère. Andy était le seul autres à aimer le Punk parmis le groupe d'enfants et c'est donc tout naturellement qu'ils ont commencés à parler ensemble. Pat et Justin reprennent donc contact avec Andy et lui propose de rejoindre le groupe : il accepta.

Après avoir durement travailler de février à mars, ils décident de se produire pour un showcase sur WRTC, une radio locale. Malheuresement, le groupe n'a toujours pas de nom et Justin et Pat rejettent l'idée de réutiliser Anti Flag. A la base, Anti Flag était une sorte de protestation face à la scène punk locale qui se disait non fasciste mais qui n'en connaissait même pas le sens.

"Ces gamins prétendaient être anti racisme mais ils n'ont même pas réalisés que l'on peut être anti raciste tout en restant un fasciste !" Justin

Les trois jeunes garçons décident alors de ne pas ré-emprumter le nom Anti Flag car cela donnerait aux gens un pretexte pour ne pas les écouter.

"Tous ce que nous voulions, c'était jouer de la musique tout en passant un message aux gens sans forcement les obliger à penser comme nous" Justin

C'est donc en tant qu'Anti-Flag que le groupe arrive dans les studios de la radio ! (voyez la différence avec le -)

Trois années ce sont écoulées depuis la formation du groupe et Anti-Flag compte à son actif pas mal de concerts mais toujours dans la région de Pittsbrugh. Le groupe aimerai faire plus de concerts à l'extérieur de Pittsburgh mais malheuresement, il ne possède ni van, ni argent, ni contacts. C'est alors que l'entraide se met en marche et grâce à des groupes comme The Bad Genes, Submachine, mais également grâce à des personnes comme Anne Flag, Anti-Flag parvient tout de même à éffectuer quelques déplacements.

C'est ainsi qu'Anti-Flag part en tournée à travers le pays durant l'été 1995. Mais malheuresement la joie est de courte durée car la tournée sera gachée par les disputes sans fin entre Andy et Justin.

En automne 1996, le groupe repart en tournée mais celle-ci sera de très courte durée et se terminera par le départ d'Andy après s'être mis sur le dos Justin mais également Pat. Selon Justin, cela était dû en partie au manque de maturité et d'expérience.

Après le départ d'Andy, Justin et Pat ont décidés de se parler afin de voir ensemble ce qui n'allait pas et ils décidèrent de comme un accord de faire passer le fun avant tout durant les tournées. Il ne manque maintenant qu'à trouver un nouveau bassiste afin de combler le départ d'Andy et c'est Sean du groupe The Bad Genes qui assurera cette fonction temporairement, le temps qu'Anti-Flag en trouve un autre.

C'est en 1997 que Justin et Pat font la rencontre de Chris Head. Celui-ci prend le rôle de bassiste le temps d'un concert pour le jour de l'an à Pittsburgh pour finallement enregistrer le premier véritable album, Die For The Governement, du groupe. Le courant passe bien entre les garçons et il parrait évident que Chris constitue la pièce manquante du puzzle. Mais malheuresement pour Anti-Flag, Chris n'est pas réellement bassiste mais plutôt guitariste. Peu importe ! Chris, ayant complétement séduit Justin et Pat, devient le second guitariste d'Anti-Flag. Toujours est-il qu'il manque un bassiste... C'est à ce moment là que Jamie Cock entre en jeu.

Pat et Justin avaient rencontrés Jamie (qui est une fille pour ceux qui n'ont toujours pas compris) durant la tournée de 1995 lorsqu'ils avaient joués dans sa ville, Toronto. Ils l'avaient trouvée cool et elle voulait à tout prix jouer de la basse pour eux. Cela tombe bien car Anti-Flag doit partir en tournée et ils n'ont toujours pas trouver de remplaçant à Andy. C'est ainsi que Jamie assura le poste de bassiste pour Anti-Flag à partir de 1998. Malheuresement pour le groupe, Jamie ne souhaite pas devenir un membre permanent d'Anti-Flag, ce qui pose un réel problème au groupe étant donné qu'elle ne peut pas être là à chaque déplacements. C'est alors qu'entre en scène #2.

#2 était un grand fan d'Anti-Flag et il se déplaçait à chacun de leur déplacement. C'est donc naturellement que le groupe va lui proposer de tenter un essai. Grace à l'arrivée de #2, le groupe était enfin disposé à finir son second album, A New Kind Of Army, enregistré en avril 1999. Le groupe part alors en tournée et découvrent que les gens achètent leurs CDs et se déplacent en masse à leurs concerts. C'est alors une grosse surprise pour le groupe et cela l'est d'avantage lorsque Tom Morello et Rage Against The Machine invitent Anti-Flag à faire quelques premières parties de leurs shows. Malheuresement, à ce moment là, Justin était malade et le groupe n'a donc pu répondre à l'invitation de Tom. Dans cette même année 1999, Justin décide de créer son propre label, A-F Records, afin de venir en aide à des groupes moins chanceux. Le premier album d'A-F Records fût une réédition d'un split, Their System Doesn't Work For You, qu'ils avaient auparavant enregistré avec un groupe canadien du nom de D.B.S.

En 2000, Anti-Flag reçoit une invitation pour le Warped Tour, durant lequel le groupe va se faire de nombreux amis avec en autre Fat Mike de Nofx et accessoirement patron du label Fat Wreck Chords. Ce dernier va leur proposer d'enregistrer leur prochain album sous son label et c'est bien entendu avec joie qu'Anti-Flag va accepter. Fin 2000, le groupe se rend dans l'Indiana au Sonic Iguana Studio afin d'y enregistrer leur quatrième album en compagnie de Mass Georgini. Le résultat de cette merveilleuse coopération fût Underground Network qui sortira début 2001.

Après une période de tournée sans fin, le groupe souhaite faire quelque chose de différent pour le prochain album. Au lieu de partir en studio et d'écrire un album, Justin souhaiterai enregistrer un album live afin de retranscrire la véritable énergie d'Anti-Flag. Après quelques essais d'enregistrement infructueux, c'est finallement le concert au Mr. Roboto Project à Pittsburgh en décembre 2001 qui sera choisi pour apparaître sur l'album Mobilize. Cet album sera ensuite suivit d'une grande tournée, le Mobilize For Peace Tour, en compagnie de groupes tels que Good Riddance, Thrice, Thought Riot ou encore Against All Authority.

2002 sera aussi l'année de la première tournée européenne du groupe en compagnie de Millencolin et Donots. A l'issue de cette tournée, le groupe plie ses bagages et part pour le Warped Tour pour 6 semaines de folies.

Fin 2003, Anti-Flag sort Terror State, un album plus mélodique et accèssible que les autres.